不同RAD技术及其与GBS的比较 | RAD专题

小编近期将为大家讲解简化基因组测序（Reduced-Representation Genome Sequencing, RRGS）相关知识，包括简化基因组简介，RRGS常用方法介绍，不同RAD技术的比较，无参RAD测序技术的应用，无参RAD测序研究思路与方法及无参RAD测序与分析流程等，每天只需5分钟，轻松学习RRGS相关知识~

话不多说，进入今天的专题——不同RAD技术及其与GBS的比较。

1.RAD-seq的技术优点是接头采用了特异barcode，可以区分不同样本，单酶切RAD能把酶切位点两侧的片段收集下来，双酶切内切酶组合灵活，更容易控制标记数量；缺点是增加了随机打断、片段选择等建库步骤。

2.GBS 的优点是同样是在不同样本加上的特异的barcode，但没有片段选择过程，直接通过PCR来选择，建库步骤较简单，缺点是只能收集短的酶切片段，酶切片段偏少，获得标记数少于RAD，缺失率较高。GBS也同样分化出了双酶切的dd-GBS (doubledigest-GBS)，即采用两种酶对基因组进行酶切，步骤与双酶切RAD非常相似，区别在于pooling的样品数量有所不同。

图1 传统GBS流程（Andrews et al. 2016）

3.RAD技术近年来也在不断发展，除了上面提到的ddRAD外，还有2b-RAD和SLAF等。2b-RAD(IIB-RAD)，即采用IIB型限制性内切酶进行酶切，产生一致性片段进行测序，由王师教授2012年提出。优点是不同样品在同一酶切位点处收集的片段长度一致，缺点是获得的片段比单酶切RAD少。

每一种技术都有各自的适用范围，用户可根据自己的项目需要选择合适的技术，比如GBS如果采用甲基化敏感酶进行酶切时虽然收集的片段偏少，但是可以避开高重复区域等甲基化程度相对较高的区域，从而收集到序列更为特异的酶切片段，使得后续鉴定的SNPs标记有效性更高，比较适合一些重复序列含量较高的物种。双酶切RAD虽然获得的片段数量少，但是pair-end 两侧的序列均有酶切位点，两侧read的头都是对齐的，所以可将read2部分也利用起来，有利于后续设计多态标记和探针，更适合无参考序列，基因组较复杂的物种。

图2 几种简化基因组方法的比较

参考文献：

1.Andrews K R, Good J M, Miller M R, et al. Harnessing the power of RADseq for ecological and evolutionary genomics. Nature Reviews Genetics, 2016, 17(2): 81.

2.Sun X, Liu D, Zhang X, et al. SLAF-seq: an efficient method of large-scale de novo SNP discovery and genotyping using high-throughput sequencing[J]. PloS one, 2013, 8(3): e58700.

3.Wang S, Meyer E, McKay J K, et al. 2b-RAD: a simple and flexible method for genome-wide genotyping. Nature methods, 2012, 9(8): 808.

今天的内容分享完啦，大家记得收藏好慢慢学习哦~

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